指数规模不同、指数成分不同、行业分布不同。1、指数规模：中证1000指数包含了A股市场中规模较大的1000家公司，而中证2000指数则包含了排名在1000-3000名之间的2000家公司。
2、中证1000指数的成分股是以流通市值和成交金额为基础筛选的1000家公司，而中证2000指数的成分股则是以排名在1000-3000名之间的公司为基础，然后按照市值、成交量等因素进行排序后选取前2000家公司而成。
3、行业分布：中证1000指数的行业覆盖面更广，包括了工业、能源、消费、医疗、科技等多个行业，而中证2000指数则更加偏向中小企业和新兴行业，软件、计算机、电子等行业。
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