离子交换色谱的原理是利用离子交换剂上的可交换离子与流动相和样品中的离子之间的电荷作用力进行分离。离子交换剂是由不溶于水的网状结构高分子聚合物构成，具有许多共价结合的带电基团。当含有欲被分离离子的溶液通过离子交换柱时，这些离子会与离子交换剂上的荷电部位竞争性结合。样品组分的分离取决于它们与离子交换剂的亲和力、电离程度以及溶液中其他竞争性离子的性质和浓度。不同的离子与离子交换剂的结合能力不同，因此它们通过柱子的移动速率也不同，从而实现分离。此外，通过改变流动相的pH值或使用不同强度的缓冲液，可以改变离子交换剂上结合物质的可逆性，进而实现样品的洗脱。
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