缴费标准不同：在缴费金额上，社保远高于新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗制度的年缴费金额仅为200元左右，而社会保障制度的最低缴费金额为每年1000元以上，而且工资越高，缴纳金额越高。
报销比例不同：社保中的医疗保险主要用于医疗报销，包括住院医疗费用报销、生育补贴报销和一般门诊费用报销。在新型农村合作医疗制度下，由于不同地区的报销比例不同，门诊服务报销范围大于社会保障服务报销范围。除了住院赔偿，还有大病保险。从各医院的报销比例和范围可以看出，新型农村合作医疗制度在乡镇卫生院的报销比例较高，而市级及以上医院的社会保障制度报销比例较高。但报销比例随着医院级别的提高而降低。
参保范围不同：社保主要有正式工作或在城市，可以参加社保；而新型农村合作医疗，只有农村户口可以办理。
参保年限不同：在大多数地区，男性需要缴纳25年的社会保险，女性需要缴纳20年的社会保险。达到退休年龄的，可享受退休后免交，但仍享受医疗保险报销待遇。另一方面，新型农村合作医疗制度只保障一年。
新农保和社保冲突吗？
两者同时缴纳会产生冲突，由于新农保属于社会养老保险中的一个组成部分，若是已经参加了新农保，将无法参加城镇职工养老保险，但是两者之间是可以相互转移的，通俗来说就是，用户之前缴纳了城镇职工养老保险缴费的年限可以转移至后来参加的新农保的年限中。