(一)本罪与非罪的界限。依《刑法》第一百四十七条之规定，生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子，只有使生产遭受较大损失的，才构成本罪。如果没有使生产遭受较大损失的，就不构成本罪。另外，行为人生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子，虽没有使生产遭受较大损失的，但销售数额在五万元以上的，应按生产、销售伪劣产品罪定罪处罚。(二)数额在五万元以上的，依照生产、销售伪劣产品罪的规定处罚。生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子，构成生产、销售伪劣农药、兽药、化肥、种子罪，同时又构成生产、销售伪劣产品罪的，依照处罚较重的规定处罚。(三)本罪与破坏生产经营罪的界限。认定本罪要注意与破坏生产经营罪的区别。其主要是。(1)本罪一般是出于非法牟利的目的，后罪则是出于泄愤报复或者其他个人目的。