处理逾期办证纠纷的方式是：当事人可以向开发商咨询原因进行协商沟通，合同中对逾期办证违约金作出约定的按照约定处理，未作约定或约定不明确的可以按照已经支付的购房款总额，参照中国人民银行规定的金融机构计收逾期贷款利息的标准计算违约金，经催告合理期限内仍未办理的可以解除房屋买卖合同。一、商品房买卖如何确定违约金。1、有约定违约金的情况下。在签订商品房买卖合同时，绝大多数出卖人和买受人都会在合同中明确约定当事人一方逾期付款或者预期交付使用房屋时，应当承担什么样的违约责任，也就是说，会明确约定逾期履行支付违约金的数额或者赔偿损失的计算方法。通常以该标准为赔偿金。2、没约定违约金的情况下。