契税超过三年后就不能退了。根据《《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条的规定，纳税人超过应纳税额的税款，税务机关发现后应当立即退还。纳税人自结缴税款之日起三年内发现的，可以要求税务机关退还多缴的税款。
契税超过多久会产生滞纳金？
如果超过一年没有缴纳契税，将会产生滞纳金。一般契税最迟应在房屋交房后一年内缴纳。缴纳契税的时间因地而异，有的地方规定买方应在交房前缴纳房屋契税，部分地方规定合同需要在10天后立即缴纳。按规定目前的主流操作，缴纳房屋契税的时间为:房屋竣工验收，交付使用，在办理房产证时缴纳房屋契税，且房屋交付后不得超过一年，否则需要缴纳滞纳金。